Si pensa che le intolleranze alimentari possano essere causate da una scarsa qualità dei batteri nell'intestino. Ciò può portare a difficoltà a digerire i cibi trigger e sintomi spiacevoli come gonfiore, gas, diarrea, dolore addominale e nausea. Ci sono alcune prove che le allergie alimentari possono anche essere correlate alla salute dell'intestino.